Godetevi la sesta parte di questo classico uscito per Neo-Geo nel novembre 2006. Si dice che Morden sia ancora vivo e che abbia riunito il suo vecchio esercito. L'esercito regolare viene inviato a indagare e in parallelo un gigantesco meteorite cade sulla terra. I falchi pellegrini confermano e avvertono i Passeri e la squadra Ikari che si tratta di un colpo del generale Donald Morden. Metal Slug 6 ritorna all'alleanza ribelle-martiana mostrata in Metal Slug 2 e 3, ma su scala più ampia. A differenza dei giochi precedenti in cui i marziani tradiscono i ribelli e i ribelli si uniscono al giocatore, entrambe le fazioni si uniscono al giocatore a causa di una minaccia maggiore. Più tardi i marziani e i soldati ribelli si uniranno di nuovo. Affronta nemici potenti e completa con successo la tua missione.